Το μεταπτυχιακό πρόγραμμα λειτούργησε για πρώτη φορά το ακαδημαϊκό έτος 2018 – 2019 με τίτλο “Οικονομικά της Εκπαίδευσης” (ΦΕΚ 3273/8-10-2018). Το ΠΜΣ μετονομάστηκε σε “Οικονομική της Εκπαίδευσης και Διαχείριση Εκπαιδευτικών Μονάδων” (ΦΕΚ 1336/13-4-2020) και από το ακαδημαϊκό έτος 2021 – 2022 η διάρκειά του είναι 3 εξάμηνα και το σύνολο των πιστωτικών μονάδων για την απόκτηση ΔΜΣ είναι 90 πιστωτικές μονάδες – ECTS (ΦΕΚ 1478/13-4-2021).