Η δομή του προγράμματος σπουδών του Π.Μ.Σ. «Οικονομική της Εκπαίδευσης και Διαχείριση Εκπαιδευτικών Μονάδων» αντανακλά τις επιστημονικές εξελίξεις  και τις ανάγκες της αγοράς στο χώρο της εκπαίδευσης. Η χρονική διάρκεια σπουδών για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ορίζεται σε πλήρους φοίτησης, (τρία εξάμηνα), και σε δύο (2) επιπλέον εξάμηνα για το πρόγραμμα μερικής φοίτησης.  
Για την επιτυχή ολοκλήρωση του Π.Μ.Σ. οι φοιτητές/τριες οφείλουν να ολοκληρώσουν επιτυχώς δέκα μαθήματα, τα οποία κατανέμονται ισόποσα μεταξύ των δύο εξαμήνων, και να εκπονήσουν επιτυχώς τη μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία η οποία πρέπει να εγκριθεί από την εξεταστική επιτροπή. Η εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας γίνεται κατά τη διάρκεια του τρίτου εξαμήνου. Εναλλακτικά μπορούν να επιλέξουν αντί της εκπόνησης της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν σε δύο επιπρόσθετα μαθήματα. Ο ανώτατος χρόνος ολοκλήρωσης των σπουδών, ορίζεται στα τέσσερα (4) ακαδημαϊκά εξάμηνα για το πρόγραμμα πλήρους φοίτησης και σε έξι (6) ακαδημαϊκά εξάμηνα για το πρόγραμμα μερικής φοίτησης. Για την παράταση του ανώτατου αυτού χρονικού ορίου μπορεί να γίνει ειδική εξαίρεση μόνο με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος.

Ειδική εξαίρεση για την παράταση του ανώτατου αυτού χρονικού ορίου μπορεί να γίνει με απόφαση της Συνέλευσης και μόνο μετά από γραπτή αίτηση του ενδιαφερομένου για ένα ακόμη ακαδημαϊκό έτος, για ιδιαίτερα σοβαρούς λόγους (επαγγελματικούς ή υγείας). Σε αντίθετη περίπτωση διαγράφεται από το μητρώο μεταπτυχιακών φοιτητών.
Είναι δυνατή η χορήγηση αναστολής φοίτησης σε μεταπτυχιακό φοιτητή μετά από αίτησή του, με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος.  Στην αίτησή του ο φοιτητής αναφέρει υποχρεωτικώς τους λόγους, το χρονικό διάστημα της αιτούμενης αναστολής φοίτησης και επισυνάπτει τα σχετικά δικαιολογητικά.

Τα εξάμηνα αναστολής της φοιτητικής ιδιότητας δεν προσμετρούνται στην προβλεπόμενη ανώτατη διάρκεια κανονικής φοίτησης. Η συνέχιση της φοίτησης πραγματοποιείται με βάση το πρόγραμμα σπουδών όπως αυτό ισχύει κατά το διάστημα επανένταξης και όχι κατά το χρόνο της αρχικής εγγραφής. Η Συνέλευση δύναται με αιτιολογημένη απόφασή της να διευθετήσει οποιοδήποτε θέμα προκύψει από την αναστολή φοίτησης.

Για την απόκτηση του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών απαιτούνται συνολικά ενενήντα (90) πιστωτικές μονάδες (ECTS). Από τα πέντε μαθήματα κάθε εξαμήνου, τα τρία είναι υποχρεωτικά και τα δύο είναι μαθήματα επιλογής από ένα σύνολο προσφερόμενων μαθημάτων επιλογής. Οι εκπαιδευόμενοι έχουν τη δυνατότητα να παρακολουθήσουν όσα μαθήματα επιλογής επιθυμούν πέρα από αυτά που συμμετέχουν στο βαθμό του πτυχίου. Για τα επιπρόσθετα μαθήματα χορηγείται βεβαίωση παρακολούθησης σε όσους συμμετέχουν κανονικά στην εκπαιδευτική διαδικασία.

Η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία πρέπει να χαρακτηρίζεται από την πρωτοτυπία της και την επιστημονικής της αρτιότητα. Η γλώσσα συγγραφής της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας είναι η ελληνική ή αγγλική γλώσσα.

Όσοι φοιτητές/φοιτήτριες επιλέξουν το πρόγραμμα μερικής φοίτησης, θα παρακολουθήσουν στο πρώτο έτος (1ο και 2ο εξάμηνο) μόνο τα υποχρεωτικά μαθήματα (3 ανά εξάμηνο) και στο δεύτερο έτος (3ο και 4ο εξάμηνο) θα παρακολουθήσουν τα μαθήματα επιλογής. Τη διπλωματική τους εργασία, ή εναλλακτικά την παρακολούθηση των δύο μαθημάτων,  θα την εκπονήσουν στο 5ο εξάμηνο σπουδών τους.