Τα διδασκόμενα μαθήματα είναι εξαμηνιαία και κάθε κύκλος σπουδών που οδηγεί σε Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) περιλαμβάνει διδακτική απασχόληση (θεωρία, φροντιστηριακές ασκήσεις), καθώς και ερευνητική απασχόληση και ασκήσεις. Η γλώσσα διδασκαλίας ορίζεται η ελληνική ή/και η αγγλική. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές πρέπει να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν υποχρεωτικά επιτυχώς σε δέκα (10) μαθήματα, (πέντε ανά εξάμηνο), από τα οποία τα έξι (6) είναι υποχρεωτικά (Υ) και τα τέσσερα (4) είναι μαθήματα επιλογής (Ε), καθώς και να εκπονήσουν μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία. Εναλλακτικά μπορούν αντί της εκπόνησης της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας να επιλέξουν να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν σε δύο επιπλέον μαθήματα, πέρα των δέκα μαθημάτων που έχουν παρακολουθήσει στη διάρκεια των δύο πρώτων εξαμήνων.

Το σύνολο των πιστωτικών μονάδων για την απόκτηση Μ.Δ.Ε. ανέρχεται στις 90 πιστωτικές μονάδες. Τα μαθήματα και η κατανομή τους ανά εξάμηνο παρουσιάζονται στον ακόλουθο πίνακα: